Johannes a Lasco

W celu rozgraniczenia Kościoła protestanckiego od katolików i anabaptystów oraz zgodnie ze stosowaną wówczas praktyką, Łaski decyduje się na wprowadzenie dysputy, czyli sporu akademickiego, podczas której jej uczestnicy w oparciu o Biblię mają przedstawić dowody na to, że treści ich wiary i doktryny są właściwe. Katoliccy mnisi unikają tych rozmów, w związku z czym zabrania się im głoszenia kazań i udzielania chrztów, tak więc na przestrzeni XVI w. opuszczają Fryzję Wschodnią. W styczniu 1544 roku dochodzi do dysputy religijnej z anabaptystami, zwłaszcza z Menno Simonsem (1496-1561), w trakcie której porozumiano się w sprawie grzechu pierworodnego oraz istoty usprawiedliwienia, to znaczy kwestii, czy grzesznik może być usprawiedliwiony przed Bogiem przez dobre uczynki, czy wyłącznie przez swoją wiarę; Wcielenie Chrystusa a także temat urzędów kościelnych nadal pozostają kwestiami spornymi. Mimo to, obie strony rozstają się w przyjaźni. Kilka miesięcy później Menno opuszcza Emden i udaje się do Kolonii, natomiast wielu jego zwolenników, już wtedy nazywanych „mennonitami“, pozostaje na stałe we Fryzji. W 1545 roku wydana zostaje rozprawa Łaskiego, w której autor broni swoich poglądów dotyczących Wcielenia Chrystusa, przeciwstawnych do tych, które głosi Menno (zdj. nr 1).[17] Z przywódcą mistyczno-spirytualistycznego odłamu anabaptystów, Davidem Jorisem (1501/02-1556), nie dochodzi do porozumienia. Zamiast wydalenia anabaptystów z Fryzji, Łaski stawia na trudne i czasochłonne rozmowy z każdym uciekinierem religijnym przybywającym z Niderlandów.

Mając na uwadze stabilizację Kościoła wschodniofryzyjskiego, Łaski podejmuje działania organizacyjne mające na celu stworzenie lokalnych Rad Kościelnych oraz wprowadzenie dyscypliny kościelnej obowiązującej wszystkich parafian. Poza tym, zarządza usunięcie z kościołów wszystkich obrazów, ołtarzy i pozostałych katolickich rekwizytów. W skład Rady Kościelnej, którą stworzył na przełomie 1543 i 1544 roku dla zboru Wielkiego Kościoła w Emden, wchodzą pastorzy oraz czterech wybranych seniorów zboru. Jej zadaniem jest między innymi egzekwowanie przestrzegania zasad dyscypliny, wymagającej od członków zboru dobrego sprawowania w życiu codziennym, w małżeństwie i we współżyciu z sąsiadami a także dobrego zarządzania gospodarstwem domowym. Za pijaństwo, przekleństwa czy inne skandaliczne zachowania Rada Kościelna może nakładać kary w formie nagany lub wykluczenia z przyjmowania Komunii Świętej. U hrabiny Anny udaje się Łaskiemu wyegzekwować zniesienie bałwochwalstwa, czyli kultu obrazu; hrabina nakazuje usunąć z Wielkiego Kościoła w Emden większość obrazów religijnych i obiektów o takim charakterze. Realizację nakazu w poszczególnych zborach Łaski kontroluje osobiście, wizytując wiejskie kościoły i odwiedzając ich pastorów.[18]

Kolejnym działaniem Łaskiego mającym na celu ujednolicenie Kościoła jest powołanie do życia tzw. „coetus“ (łac. zgromadzenie), tygodniowego spotkania pastorów mającego odbywać się w letnim półroczu, w trakcie którego mają być omawiane kwestie teologiczne. Teolodzy biorący udział w konwencie po raz pierwszy sprawdzani są pod względem ich kwalifikacji, reprezentowanej przez nich doktryny i ich stylu życia poprzez wspólną rozmowę. Łaski próbuje, za pomocą kompromisowej formuły moderatio doctrinae, odłożyć na bok spór o Komunię Świętą, a konkretnie o obecność Chrystusa podczas przyjmowania Komunii Świętej, problemu dyskutowanego przez zwolenników Lutra i Zwingliego, i skupia się na podkreślaniu cech wspólnych. Różnice między ewangelikami reformowanymi a luteranami są jednak tak poważne, że coetus w swojej pierwotnej formie się rozpada i – niezmiennie do dziś – funkcjonuje jako zgromadzenie reformowanych pastorów. W ostateczności okazuje się, że Łaski utrzymujący korespondencję z czołowymi teologami swych czasów, jak Melanchtonem, nie był „zbyt wnikliwym teologiem [...] Był za to zdolnym organizatorem, który stworzył dobrze funkcjonujące i trwałe instytucje“, jak pisze Jürgens.[19]